《The End Of Evangelion》(简称EOE)分为上下两部分：Air／真心为你（Air／まごこる、君に），顾名思义，此为旧世纪动画的“官方结局”，真正的第25、26话。制作这部剧场版的原因是由于TV版的结尾两集只描写了主要角色的心理，而没有交代故事的结局，所以本作才是新世纪福音战士真正的结尾。
25话：Air/Love is Destructive
本话剧情承接电视动画版第24话。
真嗣因为亲手杀了薰而情绪低落不已，去病房找明日香寻求慰藉，但失去知觉的明日香自然不能给他任何回应。由于使徒都被消灭了，伊吹他们认为NERV的任务已经完成可能会被解散，而美里却决心继承加持的意志，继续调查真相。
由于SEELE最后送来的使徒渚薰，SEELE和源度彼此摊牌了，谈判破裂，随后SEELE操控NERV各支部的MAGI备用机对NERV总部的MAGI一号机进行黑客攻击，此时日本政府也下达A-801命令：解除NERV基于特权所获得的法律保障，将指挥权移交给日本政府。律子用666号防护程式成功阻止了对MAGI的攻击，此时律子在MAGI中下了一道当时没人知道的指令。在试图骇进MAGI的行动失败后，SEELE决定对NERV总部进行直接占领，授意日本政府派遣战略自卫队攻打Nerv，杀死所有相关人员并控制住Nerv的设备。军队一路攻进了地下都市，美丽判断敌人的首要目标是EVA和驾驶员，要求所有人确保EVA驾驶员的人身安全，明日香被放进EVA贰号机的插入栓，和贰号机一起藏到地下湖里，丽不见踪影，真嗣则是一个人在独自游荡。
战斗已经变成了单方面的虐杀，对于毫无对人战斗经验和能力的NERV人员来说，只能任敌人宰割。美里无奈下令在隔离层暂时注入酚醛树脂暂时抵挡一下，但真嗣已经被敌人发现，美里决定单枪匹马去接应真嗣，就在真嗣即将被杀时，美里出现，救出了真嗣。丽回到了最终教条自己出生的培养槽附近，源度出现了，对她说，约定的时刻到了。
敌人已经发现了贰号机，向贰号机所在的湖中投掷深水炸弹，因为害怕，明日香一直启动不了EVA，但在此时，EVA贰号机的“魂”──明日香的“母亲”将自己残留的母爱那一面传给明日香，知道母亲就在EVA贰号机之中的明日香振作起来，驾驶贰号机接连击破日本自卫队的武器。
为了对付EVA贰号机，SEELE出动了EVA量产机系列。九台EVA量产机从天而降，与贰号机对峙（死与新生中REBIRTH的部分就到此结束）
美里要真嗣驾驶初号机出去支援，对真嗣说他不能再依靠别人，要自己去战斗了，但真嗣却不详再驾驶EVA战斗了，之前被击中自知生命无多的美里提醒了他的责任，并鼓励了他。在和真嗣吻别并把真嗣送进通往初号机机库的电梯后，美里在爆炸中逝去，留给真嗣的，只有自己的血以及十字架项链。
源度和绫波前来到莉莉丝所在的教条零地点，律子正在这里等着他们，律子转头面向源度并拿了把枪指着他说，一切都结束了。并告诉源堂MAGI被她动了手脚，NERV的自爆程式即将启动。但是计时一到，自爆程式却没有启动──MAGI中被输入律子的母亲直子“女人”人格的CASPER否定了律子的指令。于是碇源度拿出了枪对着律子，并讲了什么（但动画中只有嘴形没有发音，漫画版中源度说的是：其实我爱过你），律子流下眼泪，在“骗子”的话语中，死于源度和绫波面前。
同时在地下城市，明日香以一己之力击倒了九台EVA量产机，但贰号机的启动时间也所剩无几，在还剩９秒时，明日香认为她已经把最后一台量产机摧毁，这时从某处飞来一把量产机所用的枪。她用A.T.Field阻止了它，但长枪竟突然改变成隆基努斯之枪的形状而贯穿了A.T.Field并刺入了二号机的左眼！由于明日香此时同步率过高，明日香自己的左眼也受了伤，而贰号机的内部电源也用完了，贰号机机能停止，但这时所有的量产机因S2机关给予的无限动力复苏，武装也变形成复制的朗基努斯之枪，并展开翅膀如兀鹰般开始啃食著贰号机，明日香以自己的意志强迫重新启动已经被开肠剖肚的贰号机，但接着贰号机就被九架量产机以朗基努斯之枪复制品刺穿，明日香最后的记忆是当所有的长枪从上方切入她时，她的手臂被切裂成两段……
当真嗣坐在初号机的旁边依然拒绝搭初号机时，伊吹利用机棚的传声器哭叫着报告明日香的死。突然，初号机的手自行移向了真嗣的旁边。初号机终于出击了，还拥有了四个光翼和发亮的双眼与嘴，战略自卫队的指挥官说初号机简直就是恶魔。然而在真嗣出动后，他首先看到的是被分尸的贰号机，绝望的真嗣发出了惨叫。
26话：真心为你/ONE MORE FINAL: I need you.26话：真心为你/ONE MORE FINAL: I need you
就在这时因为看到被分尸的贰号机，真嗣的情绪当场崩溃，初号机也展开赤红的十字架之翼，之前被抛到宇宙空间的隆基努斯之枪跟着初号机的呼唤回到地球，接着初号机的四片翅膀形成一个像是羽翼的十字。SEELE见到发动第三次冲击的所有条件都已具备，命令量产型现出真正的姿态，九台五号机咬着初号机的十字羽翼飞上了天空，在天空中和初号机组合为卡巴拉之树，并引发了一场大爆炸，炸毁了整个第三新东京市和其周围的一切，并在地球上留下一个类似眼睛的记号，在眼睛中央的瞳孔，便是现出真实姿态的莉莉丝之卵——“黑之月”。
此时源度和绫波在莉莉丝的面前试图进行他自己的补完计划，即让植入自己右手的亚当，与承载莉莉丝灵魂的丽进行禁忌的融合。感受到真嗣的痛苦的丽却告诉源度“我不是你的玩偶，碇在呼唤我了”，之后，吸收碇源度右手中的亚当并和莉莉丝的本体合而为一，莉莉丝脱下脸上的“耶和华之眼”面具，转化为巨大化的绫波丽，并且穿过NERV司令部，向初号机飞去。
随着巨大化莉莉丝的到来，量产机也与之发生共鸣，转变成丽的样子，这使真嗣的情绪更是彻底混乱，而莉莉丝改以改以薰的面容出现在他眼前，这时真嗣终于放下心防，隆基努斯之枪也插进了初号机的核心，将初号机转化为一棵血色之树。
真嗣想起了小时候一个人做沙堡的记忆。还有美里、明日香不为人知的过去与欲望，当他发觉自己是孤单一人，再也没有人愿意保护他、爱他时，最深层的意识有了“希望所有人一起死”的念头，莉莉丝回应了他，第三次冲击开始了。
莉莉丝以丽的幻影出现在每个人的身边，并变成每个人心中印象最深的人，日向实亲了微笑的美里然后变成了LCL ；冬月被微笑的唯所欢迎；伊吹则接触了留下“I need you”讯息的律子幻影；青叶茂隐藏不住对丽的恐惧。而在所有在Nerv中被杀死的每个死尸旁，你都可以看到一个丽在他们的旁边。所有的尸体都变成了LCL。SEELE的成员开始庆祝第三次冲击的成功，并也一一失去了自己的形态，源度也终于见到了唯，在感慨自己对不起真嗣之后，源度被初号机的幻影吞噬。随着九台EVA量产机将变形的隆基努斯枪插进了自己的核，所有在全世界的生命都变成了数百万的光十字架，并且通过莉莉丝手中的黑之月被莉莉丝吸收。化作生命之树的初号机也进入了莉莉丝体内。
人类补完计划使所有人类摆脱形体并进行精神上的融合,所有人从精神到肉体都合二为一再没有隔阂与不理解，但是真嗣却觉得这好像不是他想要的世界，丽告诉他这个世界是为他创造的，他可以决定是继续还是变回原来的样子。
即使和别人相处就会被伤害、被抛弃，真嗣仍然觉得有他人存在的真实世界或许更好，他希望还能见到大家。随着真嗣的意念，补完计划停止，初号机飞出莉莉丝的身体，莉莉丝崩解、量产机也以钉上十字架的模样坠落地面。
在幻觉中，真嗣遇见了唯。在一阵对话后，真嗣取回自己的身体回到地球上，唯则和初号机以及隆基努斯之枪一起永远漂泊在宇宙中。
在真嗣回过神时，他已经躺在沙滩上，旁边躺着的是满身绷带、穿着插入栓服的明日香。真嗣起身，眼前是一片L.C.L.之海，他仿佛又见到了绫波丽的幻影。真嗣突然掐住明日香的脖子，明日香仍是面无表情地凝视著天空，并没有反抗，反而伸出手抚摸真嗣的脸。真嗣开始哭泣，并缓缓地松开了手。他就这样一直哭，直到明日香终于移动眼神望向他，“感觉真差/真是不爽”。（日文∶気持ち悪い），明日香对真嗣说。随着这句话，《EVA》结束了。
