第二话：陌生的天花板（見知らぬ、天井）
在没有受过特殊训练的情况下真嗣与EVA初号机达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣即不熟悉操作又无实战经验，在遭到使徒的攻击后活动停止，真嗣也陷入昏迷。真嗣醒来后，发现自己身处NERV属下的医疗机构中，虽然真嗣记忆有些混乱，但之前的战斗以他与EVA初号机的胜利而告终。
源度与几名神秘人士会面，就之前使徒来袭与迎战的事件进行交流，在会上提到了“人类补完计划”。
面对真嗣与源度冷漠的父子关系，美里提议要真嗣搬来与她同住。在二人驾车回家的路上，美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，是他保护了第三新东京市。
真嗣与美里的共同生活就此开始，两个人的欢迎会结束后，当真嗣沐浴后躺在自己的床上面对陌生的天花板，脑海中浮现了与使徒作战的记忆……在真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控开始暴走的状态下，用野兽般的战力将使徒击溃。
