第十四话：SEELE，魂之座（ぜーレ、魂の座）
人类补完委员会召开了特别召集会议，对前一段时间NERV的成绩作总结。但关于最近发生的使徒侵入一事，碇源度予以否认。
与此同时，NERV总部进行了EVA驾驶员的机体互换试验。丽和初号机的同步没有问题，但是在接下来真嗣和零号机的试验中，零号机发生了暴走。原因是来自零号机对真嗣的精神污染。零号机不断殴打着丽等人所在的控制室的玻璃。看到这个情景的美里，不由得怀疑零号机是否要试图杀死丽。另一方面，律子确信零号机想要打的一定就是自己。
从昏迷中清醒过来的真嗣注视着天花板，而源度和冬月似乎瞒着人类补完委员会另有自己的计划。
