第二十三话：泪（涙）
NERV众人经历了一连串的打击，士气非常低落。SEELE由于失去隆基努斯之枪而开会质问源度，并开始考虑如何处理源度和NERV。
第十六使徒袭来，NERV只有丽的零号机可以出战，但刚一交手，使徒就开始侵蚀零号机与丽。美里下令贰号机出击，但明日香的同步率已经低下到无法令贰号机行动了。眼看丽快被使徒完全侵蚀，源度下令马上解除初号机的冻结。丽被使徒侵入后，了解到自己对真嗣的情感，并第一次流下了眼泪。这时真嗣驾驶着初号机来到战场，丽看到使徒企图侵蚀初号机，让零号机的绝对领域翻转开启了自爆程序，零号机、丽、使徒以及大半个第三新东京市都消失在爆炸中。失去了丽，正当真嗣悲伤到流不出泪的时候，在医院里他又见到了丽，但丽却记不起之前的战斗，并说自己是第三个。
美里从加持之前交给他的胶囊里得到了加持一直以来调查的资料。由于零号机也失去了，SEELE商议要尽快完成EVA系列机的制造。
当夜，之前被源度出卖给SEELE，意志消沉的律子，将真嗣与美里带到了NERV底部的原第三分室，在那里他们见到了丽出生的地方、EVA的墓场、以及傀儡系统的原型。而在傀儡系统核心的培养槽里，漂浮着无数个绫波丽。原来丽是克隆出来作为灵魂的容器，拥有灵魂的绫波丽只有存在一个，但在NERV地下有无数个绫波丽的躯壳存在。由于发觉在源度心中自己只是丽的替代品，痛苦的律子毁掉了培养槽中丽的躯体。
