EVA研究站

　　初号机的来历很神秘，甚至到剧场版的最后大家也只是知道它的灵魂是碇唯，它是碇源堂版本的人类补完计划中的重要组成部份。那么，被团团的迷包围的初号机究竟是什么呢？
　　初号机的出场就很令人注目。在没有插入拴的情况下竟然会启动并保护真嗣，只有两人对这一事件并不惊奇，NERV的正副两司令。前两篇报告中，我多次提到机体中的灵魂的重要性。初号机的特殊性，在于它拥有一个真正完整的魂，碇唯。
　　碇唯从一开始就为SEELE服务，论年资，还是源堂的前辈。唯是真正清楚SEELE的目的的，所以她在一开始就有背叛的决心。为了更好地控制人类补完计划的进度，她选择了在和初号机的同频测试中让自己的灵魂完整地被初号机吸收。这就是第一个创记录的400%。同频率如果达到100%，就表明驾驶者的神经系统完全融入EVA的神经系统，再上升的话，物理的融合就开始，到达400%后，驾驶员的A.T. FIELD就失去，身体成为LCL(或EVA)的一部份，而灵魂就完整地留在EVA的核里。由于唯是自愿选择这么做，所以魂的融合是最完美的，有别于京子的被强迫吸走，留在二号机里的不完整的魂。
　　那么，为什么要这么做呢？这和她们夫妇两的目的有关。在终末之战前夕，NERV和SEELE断裂后，冬月说过一句话，“人类存活的环境还存在，这也是她留在EVA里面的愿望啊。”最后，在唯和冬月的对话中，她说过，“即使只有一个人活下来......只要能活下去......”可见，唯在一开始就是反对SEELE那个要毁灭人类的计划的。这个以后慢慢会说到。
　　初号机是从哪里来的至今还被争论不休，详情大概只有胡子监督才清楚了。但是，我们可以从几个方面猜测。第一，在第二次冲击的时候，美里看到张开的四只光之翼；这和初号机开始最后觉醒时的情况相同。第二，在拍到照片里的光之巨人的外观与初号机相似，只是缺少了那只人为装上去的金属角。第三，初号机在被14使徒重创时，胸腹部露出来的S2机关和使徒的核一致。第四，初号机是唯一一个LILITH的分身，其它的EVA，都是人工生产，以亚当的基因为模式的。根据种种的推测，技术理论部认为，初号机就是一直神龙见首不见尾的第二使徒。它在南极神秘消失后，估计是被带到了NERV，取走了它的魂，并改装成为EVA的模样。
　　既然它是第二使徒，那么其重要性就显而易见了。所以，唯选择了和这个LILITH的分身，拥有一个没有魂主宰的S2机关为核的第二使徒为自己的灵魂的住处，以便在以后的觉醒中更好地操纵初号机。而在初号机吃下第十四使徒的S2机关后，初号机就拥有了两个S2机关，一个足以令它半永久地活动，两个则是永久性的动力，加上已经得到智慧之实的唯的魂，初号机就成为了一个神般的存在(得到生命之果和智慧之果)。这就是SEELE所恐惧的，已经不在他们控制中的，有了唯的自由意志的初号机。因此在SEELE和源堂的对质中，说道，“我们并不想制造一个神。”
　　最初，零是能够和初号机同频的。这除了零是LILITH的魂以外，也因为她是唯的复制人，脑波相似有关。到启用DUMMY PLUG后，真嗣的强烈抵抗意志也促使了唯的觉醒，从而抵制了零和DUMMY PLUG。在唯觉醒后，初号机被冻结，SEELE为了强先源堂一步而加强了产量机的制造。但是他们的肝心，朗基努斯枪又被源堂扔到太空去，从而不得不违反原来的剧本，用初号机来引发第三次冲击。万万没想到的是，源堂又有绫波零这一秘密武器。被最终之战唤醒的唯(初号机)和儿子告别，永远留在宇宙里。