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有关加持良治的死几乎成为全剧中争议最大的部分。
首先是加持的个人资料
AD198X-AD2015
在AD2004年左右与美里和赤木律子就读与TOKYO2 UNIVERSITY,AD2006
加入NERV特殊监察部，估计在此同时加入日本内务省监察科。总体来说是个不修边符的家伙但其实却是了解内情的人。他之所以成为双重间谍，决没有HOLLYWOOD中的那么简单。感觉上是除了IKARI GENDU、YUI、SEELE
和冬月幸曾、赤木母女外唯一了解NERV和人类补完计划实质的人。因此
加入NERV实际应该是为了阻止SEELE的计划，GENDOU也可以利用他来了解日本政府的计划，尽管他知道加持良治的真实身份。但SEELE的人未必了解加持的内幕，也没有必要和理由了解。
由此我们分析一下目前的几个意见：
1葛城美里说
首先我们看一下作案时间：
当时她正在NERV总部接受副司令遭绑架的调查，显然没有时间
工具：武器早被收缴
动机：作案动机显然不足
2赤木律子
时间：
似乎无法证明
工具：
她会用枪吗？？ 似乎从来未开过枪，《AIR/真心为你》中枪是空膛，证据不足
动机：
对加持始终有种割舍不去的旧时感情，再加上加持一直为她提供情报所以再冷酷的女人也不应该如此可怕的
因此唯一有可能的，我人为只有NERV的保安部抑或是SEELE的组织成员了。
如有谬误还请大家指正。