《新世纪EVA 碇真嗣育成计划》是由创作了《真嗣君的巧克力补完计划》《绫波丽，自我改造计划》等漫画的高桥修执笔，以游戏《碇真嗣育成计划》的校园篇为基础改编的漫画作品。自2005年6月起在《月刊少年ACE》上连载，现在仍未完结。
故事概要
居住在第三新东京市的中学生碇真嗣一直和身为人工进化研究所领导者的双亲生活，每天也和同为青梅竹马的惣流·明日香·兰格雷一起上学，以及和同学们一起打打闹闹。某天，真嗣在回家途中遇见了一位有着不可思议气息的少女绫波丽，本来以为两人只是单纯见个面而已，真嗣却没想到她是母亲碇唯的远亲，而且零还要住在他家！于是，围绕着这群青少年的恋爱故事就这么开始了……
人物介绍
第三新东京市立第一中学
碇真嗣
14岁，本篇男主角，和TV版不同之处在于其双亲均建在，性格也与TV版有些许差异，但有比较大的改变是这个版本的真嗣洁癖很重，被迫搬到美里家时还要求美里陪他一起打扫。
除此之外，他也很擅长家事，甚至有时候明日香的晚餐还是他负责的。
有着在上课时偷偷写小说的嗜好，但曾经被美里抓包过。
绫波丽
14岁，女主角之一，于本作的设定中是真嗣的母亲‧碇唯的远亲，性格则以TV版最后一话中登场的“学园EVA”为准。来到第三新东京市的原因是为了源度与唯的实验。
由于小时候被同学孤立，因此在登场初期不太能看到她的笑容，更因为害怕孤独而导致在一场实验中出了差错。
对于做菜不太在行。
惣流·明日香·兰格雷
14岁，真嗣的青梅竹马，不过在本作中无法确定她是否姓兰格雷的姓氏。双亲是人工进化研究所的职员，因此和住附近的真嗣也在很小的时候就认识了。
和贞本义行画的漫画版一样有双重性格，在大人(或不认识的人)面前就会露出一副人畜无害样，但在同学面前就会肆无忌惮露出本性。
雾岛真名
14岁，转学生，第一天转学就对真嗣积极进攻，让丽和明日香感到十分嫉妒，性格和pc游戏《钢铁的Girl Friend》相同。
铃原冬治
真嗣的同班同学。不同于TV版一开始对真嗣不爽的状况，本作中的冬治和真嗣相处的十分融洽，可说是真嗣的损友。由于功课不在行，因此经常和真嗣借笔记来抄，却仍然是科科不及格的状况。
相田剑介
真嗣的同班同学，性格和TV版相同。
洞木光
真嗣班级的班长，和TV版有着相同的性格。在第三集初，她和铃原开始约会。
葛城美里
真嗣的班导师，个性和TV版一样随性。父亲是人工进化研究所草创时期的成员，于数年前失踪；但也因为这层关系，美里认识了不少研究所中的成员，有时甚至会跑过来帮他们工作。
加持良治
真嗣班级的体育老师，不改TV版中经常抽烟的行径，甚至有被源度教训过。除了担任老师外，也有帮源度他们打听一些消息。
赤木律子
第一中学的保健室老师，实际的身分是SEELE派来调查人工进化研究所的间谍。跟原作一样喜欢碇源度。在第五集运动会时，被绫波丽以“超过30岁的单身女性”为由抓去参加借物竞赛，但律子本人完全不知情。
伊吹摩耶
第一中学的老师，在本作中一样是律子的学妹。在第三集出现，由于是个菜鸟所以被学生闹著玩，还被真嗣推倒吃豆腐，之后去找律子哭诉。
日向实、青叶茂
第一中学的老师。两人的地位都是彻底的“路人”（跑龙套），比冬月还没存在感，从第一集之后就没在本篇故事中出现了。
渚薰
继丽之后转入学校的转学生，转学第一天就对真嗣展开猛烈攻势，让零和明日香感到忧心不已。
是SEELE派出来试图阻挠源度和唯的实验的人，目前是暂住在律子的家中。
人工进化研究所本作的“人工进化研究所”在原本EVA的设定中是NERV的前身。
碇源度
真嗣的父亲，人工进化研究所所长，和TV版的冷彻性格不同，本作的源度不仅对真嗣多加关心（像是搂抱真嗣之类的举动），还是个很怕妻子的丈夫，甚至常有脱线行径。对于碇唯以外的女性常造成误会，导致自己被碇唯修理的下场。
碇唯
真嗣的母亲，人工进化研究所的成员，但在所内地位几乎等同于副所长，也是个关心自己儿子的母亲，故事中经常有她教训脱线源度的情节。
冬月耕造
人工进化研究所的副所长，在故事中对其着墨不多。个性上较原作拖格。
阿贺野枫
人工进化研究所的职员，负责和受实验者进行通讯，也是真嗣和明日香进行实验时的讲师，擅长空手道。
大井五月
和阿贺野一样是人工进化研究所的职员，工作也和阿贺野相同，因此在阿贺野忙碌的时候会来帮忙。
惣流‧今日子‧齐柏林
明日香的母亲，和唯等人是同事，也因为工作关系而忙碌不太常和明日香相处，同样在本作中无法确定她是否有齐柏林的姓氏(不过书皮中有提到她的齐柏林姓氏)，模样以贞本义行的漫画版为准。由于其长时间和明日香分离，一直有把明日香当成七八岁小孩子的倾向。
与原作的联系
本作中向TV版致敬的桥段本作虽然是以学园版福音战士为主题，但在剧情的安排上不时可以看到一些向TV版的情节致敬的桥段：
Stage 01
一开始的桥段是以TV版26集所呈现的真嗣家那一段改编。
Stage 02
美里介绍零的桥段也是以TV版26集的教室那一段改编。
Stage 06、07
美里接真嗣和明日香前往人工进化研究所、三人迷路之时源堂和唯出现的桥段是向TV版第1集致敬，不同的是律子的角色被源堂和唯取代了。
实验失控这一段是向TV版第5集一开始的零号机实验致敬，接下来真嗣援救零的桥段则是改向TV版第1集启动初号机的桥段致敬。
Stage 09
真嗣和明日香搬到美里家的桥段是向TV版第2集致敬。
Stage 10、11
真嗣和明日香跳舞的桥段是向TV版第9集致敬。
人工进化研究所的停电桥段是向TV版第11集致敬。
Stage 13
小光向明日香说明冬二优点的这段是向TV版第17集致敬。
Stage 17
真嗣三人搭乘的电梯停住也是向TV版第11集致敬。
Stage 19
真嗣跌倒压在零身上的桥段是向TV版第5集致敬。
Stage 20
加持向源堂与唯报告的桥段是向TV版第20集致敬，不同的是原本TV版中冬月的角色被唯取代了。
