在美国支部进行的EVA启动试验失败了，EVA四号机和第二支部都被毁灭，美国政府把还存有的EVA三号机交由NERV总部接收。但按照”梵蒂冈条约”一个国家只能有三台EVA，NERV决定将二号机封印，尽管明日香极力反对也无济于事。
三号机的启动实验即将开始，由于实验当天正好是丽打算邀请真嗣和源度一起晚餐的日子，之前发觉丽对真嗣的感情比自己更浓烈的明日香申请代替丽去驾驶三号机。得知后绫波在明日香的手机中留言：“谢谢”。
明日香在与美里讲完了电话，进入三号机的插入拴中，结果被第九使徒给入侵，并且三号机（第九使徒）从松代实验场一直往NERV本部前进，源度指派了已维修完成的初号机出击。
因为真嗣知道三号机由明日香驾驶而无法出手，源度下令转由傀儡系统操控初号机。初号机以暴力的战斗方式将三号机分尸并捕食，三号机插入拴当场被咬碎。
目睹了这一切的真嗣对自己杀了明日香感到非常悔恨，后来他开着初号机威胁并踩踏NERV本部直到LCL浓度升高，初号机停止行动为止。真嗣在源度的面前说出“我不想再驾驶EVA了”，却被源度回了一句“你还想继续逃避吗？”之后从美里家离家出走，并把他由于以前源度用过而一直带着的随身听丢进了垃圾筒（之后这个随身听被丽捡到并带进了零号机驾驶舱）。
明日香从三号机的插入拴中被NERV救回，奇迹生还。但是律子担心她遭受使徒精神污染的可能性，所以就暂时将她安置在隔离机器里。
第十使徒来袭，NERV派出了所有的兵力来抵抗，但初号机拒绝傀儡系统，而零号机由于之前的战损还未完全修复不能马上出击，这时秘密入境的真希波驾驶二号机出战迎击使徒。
由于使徒的AT力场非常强，她启动了隐藏模式“BEAST MODE”，击破了使徒的许多层AT力场但仍然不敌。
丽驾驶零号机出击，手持超级导弹对使徒进行自杀式攻击，在真希波的帮助下终于穿透了使徒的AT力场，但使徒仍然毫发无损，零号机被使徒吞噬，使徒的识别讯号变成零号机，身体也长出了类似女性身体的机构。
真嗣被真希波所驾驶的二号机从避难所带到地表，看到被摧毁的地下都市与仅剩的零号机小腿部分，跑到了本部，对着源度说出他要驾驶初号机出击。在与使徒激战后，随着电源用尽，初号机停止了行动，，初号机停止了行动。
这时，从天上落下了隆基努斯之枪的复制品，击中了初号机，第三次冲击停止并消失。薰驾驶的六号机从天而降，说出了谜样的话语：“那么...约定的时刻来临了，真嗣君。至少这次一定要让你幸福！”
《EVA新剧场版：破》至此结束，请期待《Q》吧~
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