TV版与旧剧场版年表：
未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
1999年
冬月与碇唯在东都大学相识，碇唯提出形上生物学突破性理论，被冬月采用，成为冬月的爱生。
六分仪碇源堂接近碇唯，此时他与SEELE已有关系
冬月保释喝酒闹事的六分仪原堂，二人相识
2000年
八月十五日
南极的葛城调查队众博士提出S^2机关理论，并要在九月十三日做亚当融合实验，碇原度亦在调查队之列。
九月十二日
碇原度提前撤离南极，撤离时带走了所有资料。
九月十三日
实验出现意外，亚当觉醒，第二次冲击发生。调查队仅存领队的女儿葛诚美里一人生还。第二次冲击产生的爆炸使南极消失，海面水位上升、地轴扭曲。第十七使徒，第五适格者渚薰亦在此日诞生（未确实）。
源渡和唯一同加入SEELE。
碇唯和源渡结婚，之后源渡改姓氏为碇。
十二月四日
物流·明日香·兰格丽诞生
十二月二十六日
铃原东治诞生
2001年
二月十八日
洞木光诞生
六月六日
碇真嗣诞生
九月十二日
相田剑介诞生
注：雾岛真名应亦于此年诞生，然诞生日不详
2002年
国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。
原度邀请冬月一同游历消失的南极
冬月开始调查第二次冲击的真相，发现关于第二次冲击的新闻发表曾经幕后操纵，另外亦发现光之巨人的疑点。
患上失语症的小美理，被安排在南极调查船的第1隔离室内静养。
2003年
国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立位于箱根的人工进化研究所。
NERV本部成立，建设于人工进化研究所地下巨大的空洞中。E计划始动，零号机开始投入建造。
冬月指责源渡隐瞒二次冲击的真相，并要求对外公报。
源渡带冬月往地下都市。E计划确定存在。零号机雏型登场。
冬月加入SEELE的组织，与源渡同一计划。
注：研究室内，赤木博士母女登场。
2004年
十一月
在箱根地底的第二实验场进行EVA启动实验，实验失败，碇唯在真嗣眼前从实验中消失，之后拯救计划亦告失败。
唯死后一周，源堂决定转移进行人类补完计划。 绫波零于此后不久诞生
2005年
第二迁都计划实行，地下空洞的上方第三新东京市兴建计划展开。
在长野县第二新东京市的第二东京大学，律子认识了美里，之后加持和美里相识，美里与加持交往并开始同居。
2007年
美里和加持分手。
