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EVA官方小说《ANIMA》的故事设定。是以「『人类补完计划』没有发动的世界3年后」作为舞台，与原作可以说是平行世界的故事。 主要剧情分歧点在于TV版24话完结的时候，从这个点开始与旧剧场版新25、26话走向不同的剧情进展。

在美国支部进行的EVA启动试验失败了，EVA四号机和第二支部都被毁灭，美国政府把还存有的EVA三号机交由NERV总部接收。但按照”梵蒂冈条约”一个国家只能有三台EVA，NERV决定将二号机封印，尽管明日香极力反对也无济于事。

《福音战士新剧场版：破》是2009年重新制作的Evangelion动画电影。 是《福音战士新剧场版》系列的第二部，英文版标题是「EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE」。这一作虽仍以原动画版8-20话故事发展为蓝本，但对比原作，人物、情节等都发生了巨大的变化，可以当做一部全新的影片来观赏。

《序》作为福音战士新剧场版系列的第一部，故事沿袭电视版第1至6集、漫画版单行本第1至3集的剧情（从真嗣到达第三新东京市开始至屋岛作战胜利为止）。这部作品是基于原作的重新制作，而不是续编。

《新世纪福音战士剧场版：死与新生》（新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 DEATH & REBIRTH – シト新生）是新世纪福音战士首部动画电影，故事结构包括死(DEATH)与新生(REBIRTH)两个部分。现在我们能看到的大多是由第一部分 “DEATH”篇修正的“DEATH(TRUE)2”。

《The End Of Evangelion》(简称EOE)分为上下两部分：Air／真心为你（Air／まごこる、君に），顾名思义，此为旧世纪动画的“官方结局”，真正的第25、26话。制作这部剧场版的原因是由于TV版的结尾两集只描写了主要角色的心理，而没有交代故事的结局，所以本作才是新世纪福音战士真正的结尾。

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公元2016年，有一位叫碇真嗣的少年，他总是否定自我，讨厌自己，逃避现实，这就是他的心所欠缺的地方。而弥补这一心灵的空缺，就是“人类补完计划”。

真嗣因为亲手杀了薰的罪恶感意识而深感自责。因为他是使徒才杀了他吗？自己是为什么而搭乘EVA呢？自己是因为什么才存在在这里的？各种各样的疑问充斥着真嗣的内心。

明日香精神崩溃、东治和剑介因城市被毁而搬走、又不知道该如何面对现在的丽，真嗣感觉愈发孤独。在化为废墟的第三新东京市中，真嗣遇到了一位少年——渚薰。