EVA新剧场版：序
《序》作为福音战士新剧场版系列的第一部，故事沿袭电视版第1至6集、漫画版单行本第1至3集的剧情（从真嗣到达第三新东京市开始至屋岛作战胜利为止）。这部作品是基于原作的重新制作，而不是续编。
故事主线与电视版分别不大，这里就不赘述，可以参照电视动画版分集介绍中前六话的内容。下面介绍一下与TV版的不同：
剧情改变
1、初号机和第四使徒的对战并未采用电视版第二集中的回想方式。
2、电视版第三集中的真嗣转学骚动等等和学校同学相处的场景被减到最少，只留下冬二殴打真嗣以及之后的和解(场景也从车站改到了学校)。
东治让真嗣揍回他
3、真嗣的游荡在最后并没有和剑介见面，不同于电视版
4、第五集中零号机再启动实验被删除，只留下一开始发生过的零号机启动失控事件，这也是之前绫波丽受伤的原因。
真嗣与丽的ID卡
5、电视版第五集中律子到美里家中的桥段删除，这中间的对话改成美里和律子在酒吧中见面，并且律子给了美里两人的卡，然后真嗣再到丽的家中。（之后源度和冬月的对话中似有提到这是刻意安排的）
6、在初号机受到第六使徒攻击的同时，电视版中是直接收回，但新剧场版中，第六使徒的攻击导致弹射装置损坏而无法回收，美里下令射出插入栓却被律子和源度阻止，两人心中“初号机比驾驶员还重要”的想法提早出现，而初号机最后是透过引爆人工地盘的支架强制回收。
莉莉丝
7、美里等NERV职员于一开始便知道地底下的Lilith之存在，且在真嗣怀疑美里“只让他一个人拚命”之时，美里把他带到中央核心区去看Lilith，并做出了“只要使徒到达中央核心区，NERV便会直接启动基地自爆”的对白。日本政府及联合国在第六使徒出现后也有提出过用N2炸弹连同Nerv本部一起消灭的作战计划。
8、初号机攻击第六使徒时，第一发并不是像TV一样被使徒发现后同时开炮，而是偷袭成功但打偏了。
初号机回归狙击阵地
9、屋岛作战时，源堂有着替换主攻击手的命令，但最后被美里说服。
10、著名的“绫波丽的微笑”场景，在电视版中丽微笑前脑海中闪过了碇源度的脸，而在新剧场版中删去了这一镜头。
11、渚薰于本集就已登场，他出场是在月球的一个棺材中，说出了“又是第三个吗？你还是一样没变呢，看来相逢时会很有意思喔，碇真嗣。”的话语，并且似乎对人类补完计划也有了深入了解。这使得渚薰的身份完全不能依靠TV版来推测。
12、真嗣比电视版中变的更积极主动和有主见，留在NERV的决定是他自己“自愿”留下驾驶初号机，而非被强迫。
13、有删改了一些细节，包括人物表现及一些事情的解释，如:葛城美里在发动N2地雷时，车子被破坏却没有抱怨、及对第六使徒（RAMIEL）的试探攻击、零号机所用的盾牌的来源等。
月下的丽
背景设定改变
1、电视版第一集开头明示的“时为西元2015年”删除，剧中没有设定年代，不过第二次冲击仍是发生在故事开始的15年前。
红色的海洋
2、开头中的日本近海变成血海、月球上有一道红色痕迹，与剧场版（The End of Evangelion）最后相同，还有很多其他细节说明新剧场版很可能在时间上是旧剧场版的延续，但目前官方没有任何说明亦无可以称得上绝对可靠的资料。。
新版NERV的标志
3、NERV、SEELE的标志均被改变。
SEELE
4、SEELE成员只剩下7名，基尔等人的第一次登场是直接以SEELE成员的身分，并以石碑方式登场。
5、美里的军衔改为中校。
6、NERV驾驶员的通行证，除了磁条，新增了芯片；不过在通过闸门时依然是用刷卡来感应。
7、原TV版第三、四、五分别变为第四、五、六使徒，新的第三使徒在《破》中才出场，使徒数目缩减为12名。登场的使徒除了Lilith外，在官方公式资料中全部都只使用数字编号，并没有给出名字。
形态不断变化的第六使徒
8、第六使徒攻击或防御时外形会改变成各种不同的超现实立体几何图像，并且露出中间的核心；钻入地面时，是将身体变成螺旋形钻头，而不同于电视版中由身体中出现圆筒形钻头。EVA研究站：Http://www.cnnerv.com
9、使徒的核心一旦被摧毁，整个身体便会崩解，化为血海不留一丝痕迹，与电视版中仍会存留残骸的设定不同。
10、初号机以及零号机在外型上有少许变动，EVA起动连结时，驾驶仓图像改变。
11、初号机的粒子刀外形改变，变成类似折叠形小刀，并新追加G型装备（相信来自 持枪者-Gunman的G字首）。
其他改变.
1.有些现实存在的企业商品和广告皆有在剧场版中登场。
2.红绿灯从原本的灯变成了LED。
3.在初号机出动时增加了一些NERV人员的画面，于最后的屋岛作战时也增加了避难人群的画面。
4.插入栓服的胸口零件原本在电视版中是黑色的，不过新剧场版中改为红色。
5.在Lilith登场开头，可以看见从她腰附近长出的根状物体（脚）在摇晃。
