《福音战士新剧场版：破》是2009年重新制作的Evangelion动画电影。 是《福音战士新剧场版》系列的第二部，英文版标题是「EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE」。这一作虽仍以原动画版8-20话故事发展为蓝本，但对比原作，人物、情节等都发生了巨大的变化，可以当做一部全新的影片来观赏。
故事开篇，在NERV的冥河支部（疑位于俄罗斯境内） 原被人类从永久冻土层发掘出来，用作试验的第三使徒逃离了。
只好由驾驶员真希波·真理·伊拉丝多莉亚斯驾驶尚未完工的EVA临时五号机与之战斗。
最后五号机与第三使徒同归于尽，但驾驶舱及时脱出。在场的加持也事先驾驶飞机脱出。
镜头转到第三新东京市，真嗣与源度到唯的墓碑前来扫墓，源度对真嗣说唯仍在我们心中，这就足够了。真嗣回答今天能和父亲一起扫墓和交流，非常高兴。
随后NERV的飞机接走了源度，真嗣和美里驾车离开，在路上他们听到了第七使徒来袭的消息。
美里正打算和真嗣回基地并先派遣零号机出击，此时明日香驾驶着贰号机从天而降，轻松地击破了使徒。
明日香对沉默的丽和懦弱内向的真嗣都很看不惯，无奈她仍要按命令搬进美里家与真嗣和美里同住，并转学到了真嗣与绫波的学校。
源度和冬月来到月面的NERV塔布加支部，在那里他们见到了正在制造的EVA六号机以及隆基努斯之枪，还有可以在月面真空中生存的渚薰。
加持邀请真嗣、丽、明日香等人去参观其所在的海洋生物研究保护所，真嗣在加持的话语中知道了美里加入NERV的原因和她在第二次冲击时的经历。
NERV发现了位于宇宙中的第八使徒，并且其正向第三新东京市坠落攻击，在源度不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A· T·FIELD抵挡冲击，徒手接住从大气层上空飞落的使徒的作战计划。
作战按计划执行，真嗣率先冲到下落点，张开绝对领域迎击，尽管双手受了伤仍没有退缩，在随后赶来绫波与明日香支援下终于击破了使徒。尽管EVA尤其是初号机受到了相当严重的损伤，但源度仍然称赞了真嗣。
明日香也在战斗中认识到团队合作的重要性，晚上，她来到真嗣的房间和他交流驾驶EVA的理由，两人的关系变得融洽起来。随后一段时间里使徒一直没有出现，真嗣等人度过了一段快乐的校园时光。
一次试验后绫波对源度说打算邀请他和真嗣一起吃饭，源度眼前仿佛出现了唯的身影，于是他答应了丽的邀请。
一天中午，真嗣正在学校的天台上听着随身听休息，真希波打着滑翔伞从天而降，与真嗣短暂接触后离开了。
加持邀真嗣去看自己种的西瓜田，并要他代自己照顾好美里。
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