EVA研究站

为了成为合格的EVA驾驶员，真嗣在NERV进行EVA的操作训练。并转学到第三新东京市的中学读书，但是过了两周之后，他还没有交上好到会打电话过来的朋友。

在没有受过特殊训练的情况下真嗣与EVA初号机达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣即不熟悉操作又无实战经验，在遭到使徒的攻击后活动停止，真嗣也陷入昏迷

第一话：使徒来袭（使徒、襲来）:公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。与此同时，一位名为碇真嗣的少年被其十年未见的父亲碇源度呼唤到其所在的第三新东京市。