第二话:陌生的天花板(見知らぬ、天井)
在没有受过特殊训练的情况下真嗣与EVA初号机达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机,因为真嗣即不熟悉操作又无实战经验,在遭到使徒的攻击后活动停止,真嗣也陷入昏迷。真嗣醒来后,发现自己身处NERV属下的医疗机构中,虽然真嗣记忆有些混乱,但之前的战斗以他与EVA初号机的胜利而告终。
源度与几名神秘人士会面,就之前使徒来袭与迎战的事件进行交流,在会上提到了“人类补完计划”。
面对真嗣与源度冷漠的父子关系,美里提议要真嗣搬来与她同住。在二人驾车回家的路上,美里对真嗣作战的成绩表示赞赏,是他保护了第三新东京市。
真嗣与美里的共同生活就此开始,两个人的欢迎会结束后,当真嗣沐浴后躺在自己的床上面对陌生的天花板,脑海中浮现了与使徒作战的记忆……在真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动,在失控开始暴走的状态下,用野兽般的战力将使徒击溃。