第二十四话： 最后的使者（死者） （最後のシ者）
明日香精神崩溃、东治和剑介因城市被毁而搬走、又不知道该如何面对现在的丽，真嗣感觉愈发孤独。在化为废墟的第三新东京市中，真嗣遇到了一位少年——渚薰。渚薰是由SEELE直接送来代替明日香的第五适格者，真嗣和薰很快成为了好朋友，但美里却对渚薰的身份产生了怀疑。
渚薰是SEELE为了对付源度而打出的牌，一天，渚薰到湖边与SEELE成员密会，美里虽然在远处监视却没发现什么异常。随后，渚薰操作贰号机向最终教条下降，并且发动了绝对领域，原来他就是最后的使者——第十七使徒。
真嗣一边深深感到了背叛的滋味一边驾驶着初号机随后追去，战斗中又有另一个绝对领域发动，薰觉察到其发动者是绫波丽。虽然NERV尽了全部努力，但仍无法阻止薰入侵到最终教条。在地底的白色巨人面前，薰发现其并不是亚当，而是莉莉丝，随后放弃了反抗，要求真嗣杀掉自己。
漫长的沉默后，真嗣亲手杀死好友；战后，真嗣消沉到了极点。
