EVA研究站

      第十三话：使徒入侵（使徒、侵入）       NERV本部在进行模拟体测试实验时，于蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒侵入了NERV。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀NERV的主计算机MAGI系统，并开始启动NERV自爆程序。美里建议放弃并毁灭MAGI系统，但遭到律子的强烈反对，因为MAGI是由律子已死的母亲赤木直子博士设计制造的，对律子来说有着不一样的含义。       律子面对MAGI的三台超...

      第十二话：奇迹的价值是（奇跡の価値は） 美里回忆起15年前在南极发生第二次冲击时的情景。 美里因之前的功绩晋升为三佐/少校，剑介他们特意搞了聚会庆祝。会上，真嗣得知父亲去了南极。 源度等人在爆发第二次冲击的南极打捞起了朗基努斯之枪。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒。它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源度不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A · T ·FIELD抵挡冲击...

在一次实验中，NERV发生了在理论上不可能的完全停电，好像是为了探明NERV内部结构的人的蓄意破坏。

第十话：熔岩潜行者（マグマダイバー） 学校放暑假了，明日香十分期待能和同学们一起去冲绳修学旅行，但是由于要应对不知何时会袭来的使徒，三名EVA驾驶员只能在学校的游泳池度过这个暑假。 浅见火山口中发现了第八使徒的幼体。NERV决定第一次先发制人，进行使徒的捕获作战。作战任务分配给了明日香，贰号机装备了耐热耐压的D型装备后潜入熔岩一千米以下捕捉了使徒的幼体。但在上升过程中，幼体开始急速孵化，作战...

和真嗣他们开始在同一所中学上学的明日香一下子就成为了男生眼中的明星，不过明日香却对周围的学生毫无兴趣。而加持也同时留在了NERV。

从德国的NERV第三支部送来了EVA贰号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者-——性格火辣的少女惣流·明日香·兰格雷，此外美里大学时的恋人加持良治也同乘返回日本。

和懒散又大大咧咧的美里一起生活常常让真嗣感到苦恼，这时日本重化学工业共同体完成了迎击使徒专用无人驾驶人型机器”JA”，邀请各界参加新闻发布会。

最终使徒被击坠，丽看着不顾伤痛强行打开舱门来救自己的真嗣，第一次露出了微笑。

EVA零号机的驾驶员绫波丽是一位面无表情，沉默寡言的少女，也是真嗣在第三新东京市中学的同学。

第四话：下雨、出走以后（雨、逃げ出した後）       在与第四使徒的战斗中，真嗣第一次凭借自己的意志取得了胜利，但是他对此却没有感到任何感动和高兴。只是出于义务而战斗的真嗣，因为无法从战斗中找出意义的所在，而将自己封闭到了自己的世界中。       他离开家后，漫无目的的乘坐电车在城市里游荡，在第三新东京市的郊外，真嗣偶然遇到了在野外玩军事游戏的剑介，两人交谈着度过了一夜，       次日清晨，真嗣被NERV保安...