第十一话：在静止的黑暗中（静止した闇の中で）
在一次实验中，NERV发生了在理论上不可能的完全停电，好像是为了探明NERV内部结构的人的蓄意破坏。
正当NERV处于一片混乱时，第九使徒出现了，源度下令靠人力为EVA做出击准备。从第三新东京市徒步向NERV总部走来的真嗣、丽和明日香，也通过扩音器里的警报得知了使徒来袭。
三人通过通风管道到达了总部，同时，源度他们用自己的手为EVA的出击作好了准备。 三人立刻出击。使徒想利用强酸溶液侵入总部，明日香想出了联合作战的方案：由贰号机防御，零号机后卫援护，初号机攻击。三台EVA初次联手，成功击败了使徒。
