第九话：心灵在瞬间重合了（瞬間、心、重ねて）
和真嗣他们开始在同一所中学上学的明日香一下子就成为了男生眼中的明星，不过明日香却对周围的学生毫无兴趣。而加持也同时留在了NERV。
在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒，真嗣与明日香联合出击，但由于二人之间缺乏配合，败在了使徒的分体攻击之下。
见此，美里下令真嗣和明日香共同生活来培养默契。少年与少女被迫住到了一起。经过几天的特训，二人之间仍然没有协调感，烦躁的明日香开始对真嗣发火，认为真嗣拖了她的后腿，但偶然来访的丽却与真嗣出奇的合契。不服输的明日香决心继续训练。
随着时间的流逝，两人终于能跟彼此进行完美的配合。一天夜晚，睡的迷迷糊糊的明日香躺在真嗣旁边，她的梦话让真嗣发现了她坚强的外表掩盖下脆弱的一面。
数日后，在62秒音乐声中，两人驾驶EVA以舞蹈般的同步攻击成功击败了使徒。
