第十三话：使徒入侵（使徒、侵入）
NERV本部在进行模拟体测试实验时，于蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒侵入了NERV。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀NERV的主计算机MAGI系统，并开始启动NERV自爆程序。美里建议放弃并毁灭MAGI系统，但遭到律子的强烈反对，因为MAGI是由律子已死的母亲赤木直子博士设计制造的，对律子来说有着不一样的含义。
律子面对MAGI的三台超级电脑已有两台被占据的情况，提议促使使徒的进化，将它引导向进化的终点：自我毁灭。律子等人进入MAGI唯一尚未被侵蚀的超级电脑CASPER·3，依靠她母亲的残存记录为使徒写入了自灭促进程序，作战在千钧一发的时候成功了，使徒被消灭。
平时从来对自己的私人情况闭口不谈的律子，只有在这一天向美里提起了自己的母亲。MAGI的三台超级电脑里，分别移植了律子母亲赤木博士身为科学家、母亲和女人的人格。而作战之所以成功，实际上是CASPER坚持了自己是女人这一观点而产生的结果。
