EVA研究站

NERV众人经历了一连串的打击，士气非常低落。SEELE由于失去隆基努斯之枪而开会质问源度，并开始考虑如何处理源度和NERV。

明日香很小的时候，母亲就因EVA搭乘试验而精神失常后来甚至自杀，这让明日香发誓不会输给别人，要一个人顽强的活下去。但最近数次完败给使徒，又被一直不如自己的真嗣超过，明日香的脆弱的自信心快到极限了，她的同步率不断下降，和真嗣、美里的家庭气氛也变得非常僵硬。

2000年，人类在南极进行亚当的人体接触试验，结果试验失去控制，导致发生了第二次冲击。

NERV的副司令冬月被绑架了，情报部怀疑间谍加持是这次事件的主谋，与他关系密切的美里也不得不接受隔离审查。

看到初号机EVA暴走吞食使徒的景象，补完计划委员会成员认为这和原定的计划太远了，开始讨论源度是否另有计划。

看到朋友的惨状，愤怒的真嗣驾驶初号机企图破坏NERV本部，源度下令将插入拴中的LCL浓度调至最高，使真嗣窒息。东治虽然保住了性命，却失去了左腿。被逮捕后的真嗣决心再也不乘坐EVA了，要求离开第三新东京市，美里再三劝说也无济于事。

巨型运输机载着三号机从美国飞向日本，途中经过了一片奇怪的积云。光向明日香吐露了自己对东治的感情，明日香大为不解。

于之前初号机被使徒吞食的事件，委员会本打算叫真嗣来询问，但这一要求被美里以真嗣情绪不稳定为由拒绝了。

在同步率测试中，真嗣首次取得了三人中的最好成绩，虽然美里为他高兴，但被真嗣超越的明日香非常不爽。

      第十五话：谎言与沉默（嘘と沈黙） 加持在京都的废屋里与一个奇怪的女性接触，原来他是一位双面间谍，现在正在调查NERV的附属机关——负责选拔适格者的马尔杜克机关的情况。结果发现该机关名下的公司总共有108家，但其中107家都是空头公司，这是否意味着适格者的选拔有相当的隐情呢？ NERV众人迎来了难得的休息日，真嗣和源度一起去为母亲唯扫墓，明日香为了成全好友光，不情愿地去应付约会，而美里和律子则去参加同学的婚...

      第十四话：SEELE，魂之座（ぜーレ、魂の座）       人类补完委员会召开了特别召集会议，对前一段时间NERV的成绩作总结。但关于最近发生的使徒侵入一事，碇源度予以否认。       与此同时，NERV总部进行了EVA驾驶员的机体互换试验。丽和初号机的同步没有问题，但是在接下来真嗣和零号机的试验中，零号机发生了暴走。原因是来自零号机对真嗣的精神污染。零号机不断殴打着丽等人所在的控制室的玻璃。看到这个情景的美里，不...