第二十话：心的形体，人的形体（心のかたち，人のかたち）
看到初号机EVA暴走吞食使徒的景象，补完计划委员会成员认为这和原定的计划太远了，开始讨论源度是否另有计划。
律子等人开始进行善后工作，贰号机和零号机严重受损，而NERV原来的司令部也因被使徒攻击而不得不废弃，指挥部人员只好转移到第二指挥所。之前的惨斗给每个人心里都蒙上阴影，特别是明日香一直沉浸在被真嗣超越的愤怒与痛苦中不能自拔。
虽然EVA初号机也被回收，但在插入栓内却找不到真嗣的身影……同步率400%导致真嗣的肉体与初号机融合了，现在的插入拴内部充满了类似原始海洋的液体物质，而真嗣的肉体与心灵都溶在其中。 在插入栓中，真嗣再次面对自己的自我。
律子提出了营救真嗣的计划，似乎在十年前就已有过类似的营救计划并以失败告终。经过了一个月的时间，真嗣营救计划实施，但EVA拒绝接受控制信号。最后，插入栓的舱门突然自行打开，黄色的液体和真嗣的驾驶服流了出来，美里抱着空荡荡的战斗服痛哭了起来。就在这时，真嗣听到了自己出生之前的父母的对话。然后，在仿佛羊水一般的海洋中漂浮着真嗣前方出现了摇动的光亮……真嗣的身体奇迹般的复原了。
两天后，加持与美里在旅馆中密会，加持交给了美里一颗胶囊，并说这是送给美里最后的礼物。
