第二十一话：NERV、诞生 （ネルフ、誕生）
2000年，人类在南极进行亚当的人体接触试验，结果试验失去控制，导致发生了第二次冲击。
NERV的副司令冬月被绑架了，情报部怀疑间谍加持是这次事件的主谋，与他关系密切的美里也不得不接受隔离审查。
绑架冬月的是SEELE，目的是从从他那儿了解NERV 的真实情况以及碇源度的计划。 面对盘问，冬月回忆起了往事……
1999年，在大学担任讲师的冬月结识了他的学生碇唯、以及六分仪源度（即碇源度）。
2000年，第二次冲击爆发，那之后，独自追查第二次冲击真相的冬月和已经成为人工进化研究所所长的源度相会了，此时源度已与唯结婚，研究所的成员还有律子的母亲赤木直子博士。冬月在研究所地下见到了亚当的分身，被称为EVA的巨人。之后，唯在EVA搭乘试验中丧生，源度因此提出了自己的计划——以往没有人成功过的成神之道，并邀请冬月加入。
律子在大学里认识了第二次冲击时南极调查队的唯一幸存者葛城美里和她的男友加持，并成为了好朋友。之后他们都因各种原因加入了NERV的前身GEHIRN。
赤木直子博士一直爱着源度，她完成了NERV的核心计算机MAGI系统。绫波向直子转述了源度在背后羞辱她的话，失去理智的直子掐死了小绫波并坠楼自杀。
之后 人类补完计划委员会成立了计划的实行组织——特务机关NERV。
冬月被加持救出，但加持在与不明身份的人密会时却死在其枪下。美里回到家，听到加持在电话中的留言，痛苦失声。真嗣看着美里哭泣，却没有勇气上前安慰她而选择了逃避，他感觉自己仍然是个什么都做不了的孩子。
