第十六话：致死的疾病、之后（死に至る病、そして）
在同步率测试中，真嗣首次取得了三人中的最好成绩，虽然美里为他高兴，但被真嗣超越的明日香非常不爽。
第二天，真嗣信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，被原本认为是影子的使徒本体吞了进去，落入了使徒体内的虚数空间。律子经过分析得出了救出初号机的方法：同时向厚度只有千分之一毫米的使徒本体内投放数十颗N2爆雷。但这样做不能保证驾驶员的生命，律子告诉美丽现在只能以初号机的回收为最优先，驾驶员的生命要放到其次。美莉愤怒地打了律子。
在使徒体内，真嗣将生命维持系统打开，等待救援，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲的身影。十六小时后，就在爆雷正要投向使徒的时候，初号机从浮在天空的使徒球状影子中破体而出。使徒的血四溅，EVA狂野地吼叫着，众目骇然。
虽然这一事件还存在很多谜团，但真嗣在医院检查后身体并无大碍，此时来探视真嗣的丽说出了和记忆中母亲同样的话语。
