第十八话:生命的选择(命の選択を)
巨型运输机载着三号机从美国飞向日本,途中经过了一片奇怪的积云。光向明日香吐露了自己对东治的感情,明日香大为不解。
三号机运到后,美里也前往松代指挥启动实验,但她一直为未能告诉真嗣有关东治的事而忧心忡忡。加持搬来代替美里照顾真嗣和明日香,晚上,真嗣向加持问起关于父亲的事情。
三号机启动试验开始了,但刚接通电源三号机就发生了暴走,原来三号机在运输途中就被第十三使徒侵染了,试验场被摧毁,美里等人也受了伤。
EVA三机出动拦截使徒,零号机和二号机相继被三号机打倒在地,而真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务,宁可自己死也不愿杀人。源度见状命令启动初号机的傀儡系统,由傀儡系统操纵的初号机开始了恐怖的反击,像野兽般将三号机虐杀,鲜血洒满了松代试验场。
当得知三号机驾驶员仍生存而稍得安慰的真嗣看到工作人员抬出了奄奄一息的东治时,他发出了绝望的悲鸣。