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　　飞上天空的五号机和初号机形成了一个形如犹太教中的卡巴拉生命之树的古怪阵式，开始了第三次冲击的前奏曲（说实话，这样的剧情实在太不负责任，如果我不是已在网上看过有关资料，绝对是一头雾水，起码也要有个背景交代嘛！），初号机的“核”，也冲破胸膛跳了出来，而整个机体变成了一棵生命之树的形状（连树根都有）。lilith这时已完全变成了绫波丽的样子，看到此景的真治痛苦地大叫一声......是为绫波丽成了怪物，还是对第三次冲击的害怕？这就不得而知了。下面的情节看得人丈二金刚摸不着头脑：绫波丽（lilith）变出了一个渚薰的身体，还对真治引诱说人类补完计划有多美好，而真治竟然因此而露出了宽慰的笑容.....早在看tv版时就觉得他们俩关系有些不对劲，想不到还真有这回事呢......然后真治就回忆到小时候无父无母的孤独：和小伙伴在一起玩到傍晚，别人都有父母叫回家吃饭，可他却被一个人孤独地留在空地上。感到被抛弃的真治气愤地将好不容易堆起的沙金字塔用脚狠狠地踢烂（这就可以解释为什么被模拟系统操纵的初号机为什么那么残忍地破坏三号机）。接着是长大的真治，看这着美里和加持在XX（搞什么鬼啊，我还不如去弄个《人类补X计划》来看呢），这大概是在描述他成长的心理过程吧！再来就是真治和明日香在美里家中奇怪的对话，明日香一副心事重重的样子，而真治想去安慰她，可明日香认为他只会伤害她而将真治痛骂一顿，还把真治推到了地上，而真治愤怒地摔凳子。这大概是想表达真治那种渴望帮助别人、主动想去接近别人可总是会伤害对方的“豪猪”心理吧（律子的话，还记得吗？）。面对明日香的虚伪和蛮横，真治干脆认定和其他人在一起只会增加痛苦，都是虚伪的爱，这样还不如进行人类补完，大家一起去死，消去人与人之间的“绝对领域”，都融合到一起好了！于是他狠狠地掐住了明日香的脖子......

　　这时第三次冲击也开始了。首先是生命之树引起的大爆炸，波及到朝鲜半岛和中国，在爆炸形成的大坑中，一个黑色的月亮冉冉升起。而在地面上，每个人身边都出现了一个幽灵似的绫波丽，忽然，她又变成了那人心中最想见的人：日向看到的是美里；青叶看到了他最怕的绫波丽；伊吹见到的是体贴的赤木律子（畸恋之一）；而冬月见到了投怀送报的碇唯（又是畸恋！）；至于该死的碇元度，他见到的是碇唯、被他害死的第一个绫波丽和现在的绫波丽，这老家伙终于说道自己对不起真治，然后就被初号机一口给吞掉了......没个人“补完”之后都被吸去了灵魂，然后变成了LCL（不知大家有没有看过卫斯理写的《幽灵星座》，里面的灵魂和《EVA》一样也是一个小黑点）。升到太空的绫波丽（lilith）张开了翅膀，而那些五号机也用隆基努斯之枪刺进自己的“核”，刹那间所有人的灵魂全被吸了出来，人类就这样灭亡了，灵魂则被吸入绫波丽（lilith）体内补完，最后被吸进去的就是初号机。

　　接下来是绝对的“少儿不宜”画面：绫波丽坐在真治身上，两人的手相握着，然后真治问绫波丽自己是不是死了，而绫波丽对他说这是lcl的海，接着又是一堆难懂的对话，大概是绫波丽给真治选择是接受补完，大家成为一个个体好呢，还是回到以前大家在一起生活但是会互相伤害的世界好呢？这时真治选择了大家在一起的世界，因为这样“感觉”很好。下来就是他和母亲的告别，表示他已接受了这个充满伤害的世界，拒绝幼稚和脆弱，走向成熟。然后碇唯慢慢地远去，而初号机也冲出绫波丽的身体走了出来，所有人的灵魂也因此溢出，飞舞在卫星轨道上，至于绫波丽也就是lilith则开始解体毁灭，头变成两半掉了下来，和身体其他器官一起慢慢腐烂（好恶心）。需要说明的是，以上这段文字是我在看过一些网上资料再结合自身体会写出的，事实上EVA完结篇我已看了不下五次，到了这里仍是一头雾水。虽然现在很流行“意识流”电影，可也不要太过分，不然真的是很难受。

　　人类的结局就是只剩下真治和明日香因为身在EVA的驾驶仓中得以生还，而整个世界已经毁灭了。醒过来的真治开始掐明日香的脖子，明日香则用受伤的右手去抚摩真治的脸颊，真治忽然哭了起来，然后明日香说了一句“感觉很差”，伟大的《新世纪EVA》就这样结束了。

　　开头是不懂，结尾了还是不懂。有关其中的悬念，请看未解之迷。