第二次冲击第二次冲击发生于2000年，原因是由于人类对位于南极大陆深层的白之月中沉睡着的亚当进行研究的过程中，因实验情况失去控制而导致亚当苏醒并释放其力量，引起南极地区的巨大爆炸，并导致人类损失半数人口，海平面上升，地轴偏转，大部分地区的季节发生很大变化（如日本变为全年皆夏），是一场20世纪末发生的浩劫。
以下引用一下EVAFANS字幕组于TV二十一话中的字幕：
00:00:33 你是不是很想吃大阪寿司啊
00:00:33 这些人无法确切把握现实
00:00:34 送到地下之前需要处理吧
00:00:36 不，我想吃九州拉面
00:00:36 可是这种人却在追求真理，真是讽刺啊
00:00:37 没问题吗
00:00:38 人体接触实验预定在下个月 13 号
00:00:39 算了吧，日本巴掌大的地方
00:00:51 是的
00:00:52 阻止表面的发光
00:00:54 超过预定极限值了
00:00:54 异常事态
00:00:55 注入亚当的遗传基因已完成物理上的融合
00:00:56 全员装备防护服
00:00:58 第 2 层以下的操作员
00:00:59 火速前往中央教条区上部避难
00:00:59 A.T.Field 被完全释放开了
00:01:02 枪！把枪拉回来
由此可以看出：引发第二次冲击的原因实际为人体接触实验——将人类的基因注入亚当。
需要明确指出的是：第二次冲击与莉莉丝没有任何关系，完全是亚当的力量引起的。
EVA研究站Http://www.cnnerv.com
