由TV版第五话《レイ、心のむこうに》中，马尔杜克报告书所推论，马尔杜克机关就是推出马尔杜克报告书的组织，其职能为挑选挑选EVA 适格者。
同样的内容也由加持良治调查得知，第十五话《嘘と沈黙》中所得知的：马尔杜克机关，是为了寻找“EVA”的驾驶员而设立的，人类补完委员会直属的咨询机关；但是有意思的是，加持同样调查到了以下内容：至该处调查为止，108家相关公司中，有107家是空壳公司。
所以，我们有理由相信，第108家公司同样也为空壳公司，也就是说，马尔杜克机关实为子虚乌有的组织。而其背后的操手，自然就是Seele了。
