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迎击空天使的示意图，色调不同，影院版呈现蓝色，DVD版为红色，此处变动后面也有，请大家对比观看。

加持遇见吃午饭的葛城美里时的画面，美里的表情在影院版和DVD版中明显不同。

绫波储存记忆时，后面的墙壁上的画面。DVD版与影院版貌似有不同？碇源渡右手边的图案颜色深浅有变化，图案的含义有待考证。
DVD版加入了三名驾驶员同步率测试的内容。