■ 十一月
上旬某日约上午十一时，三位适任者进行直接以身体同步实验，途中MAGI被十一使徒入侵，并以特例582执行自爆系统，下午一时左右律子从CASPER传送自灭促进程式，消灭使徒。源渡对SEELE否认有入侵的事件。
上旬某日，真嗣进行第一次机体互乘实验，结果失控。真嗣则于同日恢复意识。
（详情见第十三话）
某周日，唯之忌日，真嗣与源渡到坟前拜祭。深夜，明日香与真嗣接吻；街上，美里与加持相吻定情。翌日，零在本部深度地底设备中央部试验DUMMY System。地深两千八百公尺．最终教义区，加持被美理洞悉了真正身份，加持将天堂之门打开，看见巨人亚当，实际上是LILITH。
（详情见第十五话）
月底，真嗣的同步率终于超越明日香，令明日香大怒。
（详情见第十四话）
■ 十二月
月初，第十二使徒来袭，初号机被使徒的迪拉克之海吞没，翌日清晨初号机在没有供电力情况下再起动，出现暴走状态，消灭十二使徒。
（详情见第十六话）
上旬，第三新东京市伪装迎击系统完成。早上，北美第二支部消失，连带EVA肆号机、S^2机关及半径四十九公里的研究设施全部消灭，据知当时在进行S^2机关的实验。DUMMY Plug试作型开发完成。下午确认第四适格者为铃原冬二。参号机运送至日本本部，其已被使徒寄生，参号机起动实验发生事故，被作成十三使徒处理，初号机初次使用DUMMY System，将使徒肢解。真嗣知道第四适格者是冬二，大怒要破坏NERV，后因被提高LCL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。
（详情见第十七、十八话）
三天后，失去左脚的冬二恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。十四使徒来袭，直接攻进GEO-FRONT。贰号机的双臂和头被刺飞，零驾驶零号机抱着N^2爆雷自杀式攻击无效，脸被切半。使徒将NERV本部滥炸入侵主轴往中央教条区前进发令所。真嗣回来驾驶初号机把使徒推出本部，初号机活动极限，使徒反击，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S^2机关据为己有。真嗣与初号机同步率400%，完全融于LCL中，隔日救援真嗣行动展开，事后二十七日救回真嗣。不久，源渡将亚当植入右手。三日后，加持将内藏第二次冲击的秘密胶囊交给美里。
（详情见第十九、二十话）
2016年
■ 一月
下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡，时年31岁。凶手至今未明。谍报部认为加持是事件主谋者，美理受到侦讯。
（详情见第二十一话）
■ 二月
上旬，第十五使徒来袭，并向贰号机进行心理攻击，明日香崩溃，完全失去战斗意志，贰号机沉默。零号机改以朗基奴斯之枪消灭目标。
（详情见第二十二话）
中旬，十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，零的遗体在插入栓中发现,律子命秘密处理,三人目零登场。几天后，美理解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。律子破坏DUMMY System。
（详情见第二十三话）
下旬，明日香失踪，七日后，被谍报部二课寻回。
第五适格者——渚薰抵达NERV，真嗣对熏产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。 翌日，美理知道薰能自由设定与EVA的同步率。 途中薰薰同化贰号机，展开超强大AT力场，形成结界，掩盖所有探测。 零亦展开同等力量的AT力场，中和结界。 是最后使徒——熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线．天国之门开启，但渚薰自愿被初号机杀害。
（详情见第二十四话）
以下为剧场版内容
■ 三月
上旬，某日上午5时59分，美理终于知道第2次冲击的秘密。
律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。
同日，SEELE颁报A-801训令，取消NERV本部所有特权。 战自大队入侵，源渡宣报全员进入第一战斗态势。 第三新东京市遭到N^2爆雷疯狂轰炸，连同天井都市消失。 7时23分23秒，于46通道发现真嗣。美理出发救援。 明日香被运往贰号机，发射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，并带真嗣往初号机而去。
明日香觉醒，向战自大队反击。 美理在第6紧急电梯入口被枪击受伤。 美理对真治献出最后一吻，之后真治乘电梯到第7收容处。 约2分钟后，律子意图执行自爆系统，但失败。 2分钟后，贰号机大战EVA量产机。 美理被炸死亡，时年29岁。 律子被源渡枪杀身亡，时年31岁。 源渡意图令ADAM与LILITH融合。
贰号机击败EVA量产机，电源用尽，但被无故飞来的复制朗基奴斯之枪插中头部，明日香狂彪，贰号机趋近暴走，但再被9枝复制朗基奴斯之枪射中。 EVA量产机再起动，并将贰号机肢解。
初号机自行启动，欲真嗣乘坐其中。朗基奴斯之枪从大气层飞回初号机前。SEELE所谓的“仪式”开始进行。 EVA量产机在初号机身上刻上圣痕。 EVA量产机与初号机形成了Tree of Sephirot。 S^2机关解放，释放高能量爆炸，战自大队全灭。
地下都市回归真实面貌，LILITH之卵，黑之月出现。
零违背源渡意愿，和LILITH融合，第十八使徒成型。源渡失去右手。
EVA量产机与零同化。真嗣心理图混乱。初号机与朗基奴斯之枪同化，形成生命之树。反AT力场增大，生物已无法保持形态。
补完计划最后阶段。 灵魂之屋开启，全人类形体化成LCL。
真嗣放弃补完，走出第十八使徒。
生命之海边，只剩下真嗣和明日香存活于世。
