EVA研究站

和真嗣他们开始在同一所中学上学的明日香一下子就成为了男生眼中的明星，不过明日香却对周围的学生毫无兴趣。而加持也同时留在了NERV。

从德国的NERV第三支部送来了EVA贰号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者-——性格火辣的少女惣流·明日香·兰格雷，此外美里大学时的恋人加持良治也同乘返回日本。

和懒散又大大咧咧的美里一起生活常常让真嗣感到苦恼，这时日本重化学工业共同体完成了迎击使徒专用无人驾驶人型机器”JA”，邀请各界参加新闻发布会。

最终使徒被击坠，丽看着不顾伤痛强行打开舱门来救自己的真嗣，第一次露出了微笑。

EVA零号机的驾驶员绫波丽是一位面无表情，沉默寡言的少女，也是真嗣在第三新东京市中学的同学。

第四话：下雨、出走以后（雨、逃げ出した後）       在与第四使徒的战斗中，真嗣第一次凭借自己的意志取得了胜利，但是他对此却没有感到任何感动和高兴。只是出于义务而战斗的真嗣，因为无法从战斗中找出意义的所在，而将自己封闭到了自己的世界中。       他离开家后，漫无目的的乘坐电车在城市里游荡，在第三新东京市的郊外，真嗣偶然遇到了在野外玩军事游戏的剑介，两人交谈着度过了一夜，       次日清晨，真嗣被NERV保安...

为了成为合格的EVA驾驶员，真嗣在NERV进行EVA的操作训练。并转学到第三新东京市的中学读书，但是过了两周之后，他还没有交上好到会打电话过来的朋友。

在没有受过特殊训练的情况下真嗣与EVA初号机达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣即不熟悉操作又无实战经验，在遭到使徒的攻击后活动停止，真嗣也陷入昏迷

第一话：使徒来袭（使徒、襲来）:公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。与此同时，一位名为碇真嗣的少年被其十年未见的父亲碇源度呼唤到其所在的第三新东京市。

“Evangelion”既不是英语，也不是德语。“Evangelion”来自于希腊语Ευαγγέλιο，最初之意其实是“好消息/福音”，之后随着圣经大量引用，逐步演化为专指“使徒传播的教义”（亦即耶稣死而复生拯救世人的消息——基督福音）。