EVA研究站

看到朋友的惨状，愤怒的真嗣驾驶初号机企图破坏NERV本部，源度下令将插入拴中的LCL浓度调至最高，使真嗣窒息。东治虽然保住了性命，却失去了左腿。被逮捕后的真嗣决心再也不乘坐EVA了，要求离开第三新东京市，美里再三劝说也无济于事。

巨型运输机载着三号机从美国飞向日本，途中经过了一片奇怪的积云。光向明日香吐露了自己对东治的感情，明日香大为不解。

于之前初号机被使徒吞食的事件，委员会本打算叫真嗣来询问，但这一要求被美里以真嗣情绪不稳定为由拒绝了。

在同步率测试中，真嗣首次取得了三人中的最好成绩，虽然美里为他高兴，但被真嗣超越的明日香非常不爽。

      第十五话：谎言与沉默（嘘と沈黙） 加持在京都的废屋里与一个奇怪的女性接触，原来他是一位双面间谍，现在正在调查NERV的附属机关——负责选拔适格者的马尔杜克机关的情况。结果发现该机关名下的公司总共有108家，但其中107家都是空头公司，这是否意味着适格者的选拔有相当的隐情呢？ NERV众人迎来了难得的休息日，真嗣和源度一起去为母亲唯扫墓，明日香为了成全好友光，不情愿地去应付约会，而美里和律子则去参加同学的婚...

      第十四话：SEELE，魂之座（ぜーレ、魂の座）       人类补完委员会召开了特别召集会议，对前一段时间NERV的成绩作总结。但关于最近发生的使徒侵入一事，碇源度予以否认。       与此同时，NERV总部进行了EVA驾驶员的机体互换试验。丽和初号机的同步没有问题，但是在接下来真嗣和零号机的试验中，零号机发生了暴走。原因是来自零号机对真嗣的精神污染。零号机不断殴打着丽等人所在的控制室的玻璃。看到这个情景的美里，不...

      第十三话：使徒入侵（使徒、侵入）       NERV本部在进行模拟体测试实验时，于蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒侵入了NERV。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀NERV的主计算机MAGI系统，并开始启动NERV自爆程序。美里建议放弃并毁灭MAGI系统，但遭到律子的强烈反对，因为MAGI是由律子已死的母亲赤木直子博士设计制造的，对律子来说有着不一样的含义。       律子面对MAGI的三台超...

      第十二话：奇迹的价值是（奇跡の価値は） 美里回忆起15年前在南极发生第二次冲击时的情景。 美里因之前的功绩晋升为三佐/少校，剑介他们特意搞了聚会庆祝。会上，真嗣得知父亲去了南极。 源度等人在爆发第二次冲击的南极打捞起了朗基努斯之枪。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒。它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源度不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A · T ·FIELD抵挡冲击...

在一次实验中，NERV发生了在理论上不可能的完全停电，好像是为了探明NERV内部结构的人的蓄意破坏。

第十话：熔岩潜行者（マグマダイバー） 学校放暑假了，明日香十分期待能和同学们一起去冲绳修学旅行，但是由于要应对不知何时会袭来的使徒，三名EVA驾驶员只能在学校的游泳池度过这个暑假。 浅见火山口中发现了第八使徒的幼体。NERV决定第一次先发制人，进行使徒的捕获作战。作战任务分配给了明日香，贰号机装备了耐热耐压的D型装备后潜入熔岩一千米以下捕捉了使徒的幼体。但在上升过程中，幼体开始急速孵化，作战...