EVANGELION叁号机（EVA03／エウンゲリオン叁号机）是基于美国强烈要求之下与肆号机同时制造的福音战士，建造地为在马萨诸塞州的NERV第二支部，外表涂装为黑色，眼睛数目有两颗，血液颜色为红色。TV版驾驶员是第四适格者铃原东治，新剧场版中驾驶员为式波‧明日香‧兰格雷。
在肆号机于S2机关实验被消灭后送到日本，但在运送过程中遭使徒-霰天使巴迪尔寄生、启动实验时开始活动并毁了松代实验场。
叁号机后被拟人操纵模式中的初号机严重破坏，先被初号机掐断脖子，再抛到地面上（其实使徒在此已经死亡）。初号机先掀起其胸部的装甲，再把其头颅压爆。然后初号机继续攻击其身躯，更把手脚扯断。最后初号机把插入栓破坏，行动停止。战斗后参号机的血液遍布河流两岸，体内器官亦散满一地。驾驶者铃原冬治也在战斗受重伤，需要切除左脚，漫画版更直接死亡。动画中的霰天使巴迪尔编号为第13使徒，漫画中的霰天使巴迪尔编号为第8使徒。
新剧场版中的驾驶员为式波‧明日香‧兰格雷。与贰号机相同，正规型EVA都有专用战斗型态，叁号机是挣脱拘束具后能从肩膀多出两条手臂，这点被使徒拿来利用。其遭遇与TV动画版无异，但没有与贰号机及零号机交战，而初号机行动比动画版更残忍暴力，最后叁号机惨遭初号机分尸。新剧场版中的霰天使巴迪尔编号为第9使徒。
