EVANGELION肆号机（EVA04／エウンゲリオン肆号机）基本性能与贰号机相同。与叁号机相反采用白色涂装。在美国的S2机关搭载试验中，与NERV第二支部一块消失。
EVA肆号机在动画中未直接出现。和叁号机同样是美国NERV第二支部所制造，于设定中是继贰号机之后的“对应无时限新型内置主机试验机”（赤木律子原话），是“以取得次世代型开发数据为目的试验机”（冬月耕造原话），其外表装甲有很强烈的金属感，外表涂装为白色，眼睛数目有两颗，血液颜色为红色。于S2机关实验时连同在美国内华达州的第二支部一起消失。请注意，EVA肆号机及NERV第二支部是消失而不是爆炸。而事故原因是人造的S2机关开启了狄拉克之海，导致两者一起被吸入而消失。
在肆号机消失的意外发生后，美国急忙将EVA叁号机的起动实验转移到松代实验场进行，以免再次发生意外，这间接导致了EVA叁号机的悲剧。
新剧场版中与电视版本的遭遇基本相同，同样没有直接出现。
