某些观众认为是美里杀了加持，因为美里的房门刚好在枪响后关闭（门牌上写着 “M. KATSURAGI” ），这一定意味着庵野秀明想暗示美里杀了加持。其实庵野从未打算把这个镜头作为任何种类的线索。事实上，他吃惊地听说爱好者们认为那是美里。他直接声明那不是美里，甚至还编辑了在日本发行的录像制品，用一段街道的镜头代替了美里的房门。他去掉了那个镜头因为他不想让人们认为凶手是美里。实际上，他对人们认为那是美里感到震惊，对于人们认为他们在实际上根本没有“暗示”的地方找到了“暗示”，他感到为难。
也有些人指向第十五话中美里威胁要杀掉加持的地方，把它作为证据来证明第二十一话中美里真的这么做了。但这一观点同样不成立，因为到了第二十一话（具体显示在第二十话的结尾），美里和加持都在做同一件的事：寻找真相,加持死后揭露“真相”的接力棒便传给了美里。EVA研究站Http://www.cnnerv.com
庵野监督关于此问题的答复
庵野曾直截了当地说杀加持的人不是美里，如上图，在官方电影书（译注：《Film Book》）的“检查点”（ Check point）部分也提到：在播放过后马上成为话题的是，究竟是谁枪杀了加持，一部分的看法认为是美里下的手，不过根据庵野导演的说法，大概是SEELE的人或者情报科等第三者。
在贞本义行先生创作的漫画版中，凶手很可能是碇源度。
漫画版中加持之死的一幕，注意杀害加持凶手所戴的手套。
碇源度的经典POSE，注意手套
